أُسس مركز الدراسات المهدوية عام 2014م بقرار من بروفيسور/ نور الدائم عثمان محمد مدير الجامعة عُين دكتور/ أحمد حسن عمر شلوبة مديراً مؤسساً له .

أصدر مجلس الجامعة عملاً المادة 5/13 من قانون تنظيم التعليم العالي والبحث العلمي لسنة 1990م مقروءة مع المادة 9(ع) من قانون جامعة الامام المهدي لسنة 1995م النظام الأساسي رقم 17 لسنة 2015م .حدد النظام الأساسي أهداف المركز ومجمل القول فيها أن المركز يبحث في التاريخ بصفة عامة وتاريخ الثورة المهدية وتاريخ النيل الأبيض بصفة خاصة وذلك بجمع الوثائق والمخطوطات وتأسيس مكتبة وإقامة مؤتمرات ودورات تدريبية وندوات وملتقيات وتأهيل الباحثين للدرجات العليا وجعل رابطة تضم كل المتخصصين في مجال المهدية .والقيام بالدراسات وتوثيق الروابط العلمية مع مراكز ومعاهد البحوث في الداخل والخارج وخلق قاعدة بيانات لمصادر ومراجع الدراسات المهدوية والإهتمام بآثار المهدية وإصدار مجلة ورقية والكترونية وإنشاء متاحف